Durante su estancia en el cargo fueron criticados por el presidente Andrés Manuel López Obrador tras mostrar su oposición a las reformas electorales que promovió
En opinión de José Miguel Calderón, AMLO por un lado plantes desaparecer al INE, pero olvida que Manuel Bartlett fue un hombre clave en los fraudes electorales de 1986 y 1988
