El Ayuntamiento de Juan C. Bonilla no transparenta la cantidad de deuda pública que contrata, no desglosa el presupuesto asignado para pagarla y tampoco da a conocer con qué instituciones financieras mantiene adeudos, de acuerdo con el Instituto Mexicano para la Competitividad (IMCO). 

En el Índice de Información Presupuestal Municipal (IIPM) 2015, presentado en diciembre, el organismo confirmó que de 23 municipios evaluados en el estado, Juan C. Bonilla ocupó el último sitio. Y es que de los 100 puntos a calificar solamente logró 16. 

Además, entre sus fallas también se encuentran las siguientes: 

- No desglosa el número de plazas de la administración pública municipal.

- No desglosa el tabulador de plazas con desglose de empleados de confianza, base y honorarios.

- No desglosa el tabulador de salarios de mandos medios y superiores.

- No desglosa o distingue las remuneraciones base, de las remuneraciones adicionales y/o especiales.

- No desglosa el monto para pago de pensiones.

- No desglosa prestaciones sindicales.

- No desglosa monto de prestaciones sindicales.

- No desglosa el tabulador de salarios del personal de la policía.

- No desglosa número de plazas de la policía con cargo al presupuesto municipal.
La evaluación contempló en total a 397 municipios y 16 delegaciones distribuidos entre las 32 entidades federativas.